Vstup na trh západnej Európy

Slovenské lodenice v Komárne sa od 1. júla 1990 stali opäť samostatným právnym subjektom, zatiaľ v podobe štátneho podniku. Vypracovaním konverzného programu mala lodenica nahradiť útlm výroby vojenskej plavebnej techniky, vstúpiť na trhy západnej Európy, obnoviť sortiment vyrábaných nákladných lodí a osobných lodí, prehodnotiť systém stavby lodí, opravy lodí a prestavby lodí podľa požiadaviek plavebných spoločností a na úrovni najnovších technológií lodiarskeho priemyslu. Pripravovala sa aj privatizácia podniku. V tomto období sa realizovali dva konverzné programy: jeden na výrobu ISO kontajnerov, druhý na výrobu rámov zemných strojov.

Po spoločenských zmenách začala lodenica úzko spolupracovať s rejdárstvom Wessels Export-Import GmbH, projekčnou kanceláriou Sternkopf, dozorujúcou organizáciou Germanischer Lloyd a komerčnou bankou Bremen Landesbank. Vďaka tejto kooperácii v roku 1991 spustili na vodu námornú nákladnú loď NL Rýn pod menom Rheinfels, schopná na operáciu aj na stredných a dolných úsekoch veľkých európskych riek. Loď získala prestížne ocenenia – zlatú medailu Slovak Gold a cenu Grand Prix Slovak Gold a v roku 1994 Najlepší strojársky výrobok roka. Do roku 1997 vyrobili z tejto lode 34 kusov pre nemeckých a ruských zákazníkov.

Lodenica od 1. mája 1992 fungovala ako štátna akciová spoločnosť, ktorú následne sprivatizovali v prvej vlne československej kupónovej privatizácie. Zo Slovenských lodeníc Komárno, a. s. sa postupne vyčlenili niektoré činnosti priamo nesúvisiace so stavbou lodí a opravou lodí do dcérskych spoločností. Spolu s nimi lodenica v tomto období zamestnávala vyše 3500 ľudí.
Od roku 1991 postupne zaviedli počítačovú podporu pri projekčných a konštrukčných prácach stavby lodí.

Značné úspechy priniesol pre komárňanskú lodenicu rok 1992, keď odovzdali nákladnú loď NL Rostock s názvom Rügen pre nemeckú spoločnosť DSR Lines. Je to modifikácia osvedčenej nákladnej lode NL Rýn. V roku 1993 nasledovali prvé dve nákladné lode prototypu NL EMS vyvíjaného podľa zadania Wessels Export-Import GmbH ako plavidla zmiešanej plavby rieka-more. V ďalšom roku odovzdali nákladnú loď takého istého typu: NL Wesser, s menom Saar Casablanca pre nemeckého zákazníka Bojen Moormeland.

V roku 1995 sa uskutočnil krst nákladných lodí NL Elbe, ktoré dostali mená Atair, Algol a Antarus pre rejdárstvo Rohden Schiffbetriebs GmbH & Co. z Hamburgu. Tieto nákladné lode vyhovujú požiadavkám plavby na väčšine vnútrozemských vôd, pričom sú aj dobrými námornými plavidlami. Prvým výsledkom kooperácie s lodenicou SAVA vo Zväzovej republike Juhoslávia bol slávnostný krst dvoch nákladných lodí typu NL Schelde. Špeciálnou zákazkou bolo dokončenie luxusnej jachty pre holandskú spoločnosť Stella Maris v roku 1997.

V polovici 90-tych rokov sa Slovenské lodenice Komárno, a. s. stali jedným z najväčších výrobcov lodí príbrežnej plavby do tonáže 4500 tdw .